En esta sala se explica qué es la Arqueología Subacuática como disciplina encargada de investigar a las sociedades antiguas a través de la recopilación de datos y estudios especializados de objetos, restos humanos o de animales sumergidos en los mares, ríos, lagos, lagunas, manantiales, pantanos, ciénagas, marismas, arroyos, cenotes, cuevas inundadas, cavernas semi-inundadas, lagos y terrenos ganados al mar. Asimismo y de forma didáctica se muestra cómo se localiza, protege, estudia y conserva el patrimonio cultural subacuático, destacando la importancia del trabajo multidisciplinario, la aplicación de la tecnología y la participación de los pescadores.

La arqueología subacuática requiere del trabajo de equipos en los que participan diversos especialistas como arqueólogos subacuáticos, historiadores, antropólogos físicos, antropólogos sociales, restauradores, biólogos, paleontólogos, paleobotánicos, paleoantropólogos, oceanógrafos, hidrógrafos, geógrafos, geólogos, arquitectos, ingenieros en materiales arqueológicos, químicos, topógrafos, fotógrafos o videógrafos. También es necesaria la participación de las comunidades pesqueras, ejidatarios, buzos deportivos, espeleólogos y espeleobuzos, quienes apoyan en las exploraciones para descubrir sitios arqueológicos subacuáticos y semi-inundados.

A través de esta sala de inmersión, el visitante podrá adentrarse a una cueva, en donde se explica cómo se formó el territorio mexicano desde hace 165 millones de años, con especial énfasis en la vida que habitaba bajo el agua en la península de Yucatán, su transformación y la del paleoambiente, hasta llegar a la era del Hielo (de 40 000 a 10 000 años de antigüedad).
Destaca la recreación de fauna del Pleistoceno a escala real, como los colmillos de un mamut, el cráneo de un tigre dientes de sable y la representación del esqueleto de perezoso, tres de las trece especies localizadas en la cueva Hoyo Negro en Tulum, Quintana Roo, que junto con la historia narrada por Naia, la mujer más antigua de América, internan al visitante al mundo de la prehistoria, hoy en día sumergido.

En la sala se exponen piezas provenientes de diversos contextos arqueológicos subacuáticos inmersos en aguas continentales, vinculados con la cultura maya, que evidencian de forma material, la relación entre conceptos divinos, tales como el agua, el vientre de la tierra y el inframundo como un espacio sagrado de muerte, vida y renacimiento. Destacan los hallazgos realizados en los contextos arqueológicos subacuáticos del cenote San Manuel, municipio de Tizimín, así como de cenotes de los municipios de Homún y Chemax, Yucatán. En estos espacios sagrados se identificaron jarras tipo “chocolateras” correspondientes al horizonte Preclásico tardío (400 a.C. a 200 d.C.), similares a las encontradas en sitios terrestres de Belice y Guatemala, asociadas a enterramientos o depósitos mortuorios.

Los navegantes europeos que arribaron al Nuevo Mundo traían consigo un bagaje tecnológico que les permitió cruzar el Atlántico a través de la navegación a vela mediante carabelas (siglo XV) y a bordo de galeones (siglos XVI y XVII).

En esta sala se podrán apreciar diversos instrumentos como: brújula, astrolabio, sextante y escandallos (estos últimos provenientes de diversos pecios ubicados en la Sonda de Campeche), objetos que sirvieron a la navegación, y posibilitaron a partir del siglo XV la travesía de "altura", es decir, navegar lejos de las costas sin otro punto de referencia que las estrellas. Gracias a estos inventos, los marinos pudieron estimar mejor su posición en la mar, el rumbo a seguir, conocer la naturaleza del fondo para evitar accidentes, así como el adecuado uso de los vientos y las corrientes. Destacan en esta sala dos piezas correspondientes al siglo XVI, una media culebrina de bronce proveniente del pecio Cayo Nuevo I, considerada el cañón más antiguo en su tipo en el Hemisferio Occidental, así como una caña de timón de ébano recuperada en el arroyo Seco, Palizada, Campeche.

Compuesta por una de las colecciones más importantes del Museo, en donde se exhiben objetos de oro, esmeraldas y otras piedras preciosas, así como monedas macuquinas de plata recuperados en las exploraciones del pecio Ancla Macuca identificado en el arrecife Alacranes, Golfo de México. Esta colección está conformada por 211 piezas de oro, esmeraldas, amatista, un rubí, y coral rojo, considerada parte del cargamento de un orfebre que trabajaba durante la travesía en la confección de elementos de joyería, portando herramientas y laminillas de oro como materia prima.

Estas piezas, estaban destinadas para la vida cotidiana de un sector social europeo, entre ellas: anillos, dijes, mancuernillas, botones, mondadientes, cadenas, así como relacionados con la liturgia católica: aplicaciones a mantos, medallas, rosarios, (oro y coral rojo), relicarios y cruces. Destaca la importancia de los elementos del navío, como el recubrimiento de plomo del casco, la clavazón y los pernos de bronce, lo mismo instrumentos propios para la navegación, como un ancla y escandallo de plomo, a lo que se suman la artillería y los pertrechos de guerra asociados, además de monedas macuquinas de plata de origen mexicano. Todos los artefactos diagnósticos estudiados en su contexto arqueológico fueron analizados por expertos en diversas disciplinas, lo que permitió definir al pecio Ancla Macuca como correspondiente a la primera mitad del siglo XVIII y de filiación española.

Además en esta sala podremos observar piezas de armamento ligero como un trabuquín, mosquetes y fusiles, así como pertrechos de guerra utilizados a bordo de los navíos, tanto para el ataque a distancia como en el combate frente a frente. Asimismo se pueden apreciar diversos elementos como la diversidad en el tipo de lastre que viajaba en las sentinas de los barcos, objetos recuperados de los pecios del siglo XVIII: El Pesquero y Carron, además de vasijas, restos de cinchos para barril y sus espitas provenientes de pecios del arrecife Alacranes, como muestra del almacenamiento de la carga a bordo de los buques.

Los cambios tecnológicos acaecidos con la llegada de la Revolución Industrial es el tema de esta sala.Entre los cambios tecnológicos que tienen lugar con la llegada de la época industrial (segunda mitad del siglo XVIII- principios del siglo XIX), destaca la sustitución de la madera por el hierro en la construcción naval y el cambio del uso de las velas por la máquina a vapor, lo que motivó el aumento en el arqueo de los navíos, así como en su velocidad de crucero, lo que redundó en un intercambio más eficaz y continuo.Los buques impulsados a vapor produjeron una revolución en el ámbito val debido a que, por primera vez, el hombre deja de depender de la natural y de su fuerza para trasladarse por la vía acuática. Lo anterior no impidió durante muchos años la tecnología a vela y a vapor se alternaran, dependiendo de las capacidades y necesidades del contexto natural.

La identificación de buques de esta época es mucho más sencilla, pues va se cuenta con elementos tecnológicos que los caracterizan, como su arqueo, el uso de máquinas a vapor y de calderas, así como el tipo de anclas de acuerdo con el tamaño de la embarcación que las portaba.Hacia el siglo XIX dos accidentes protagonizados por el vapor inglés R.M.S. Tweed (1847) y su gemelo R.M.S. Forth (1849), ambos navíos de correo de entre 1800 y 1900 toneladas, pondrían al arrecife Alacranes en las noticias internacionales, por las cuantiosas pérdidas humanas y económicas derivadas; de tal suerte que el ministro campechano, don Justo Sierra O'Reilly, en informe rendido en 1854 al Ministerio de Fomento de México, deja testimonio de los graves perjuicios que para entonces seguían generando al comercio y la navegación los constantes accidentes suscitados en estos bajos; el ministro comentó: "No se pasa un solo año sin que haya uno, dos y hasta tres naufragios en el bajo de los Alacranes".